Con il D.L. n.381 all'art.7 comma1 : "L'Osservatorio geofisico sperimentale di Trieste muta la denominazione in Istituto nazionale di oceanografia e di geofisica sperimentale - OGS".

Il prof. Iginio Marson, quale Consigliere di Amministrazione prende le redini dell'Istituto dopo la notizia della proposta di designazione quale presidente da parte del Ministero

Con Decreto della Presidenza del Consiglio dei Ministri il nuovo Presidente dell'Istituto è il prof. Iginio Marson che mantiene anche l'incarico di Preside della Facoltà di Ingegneria dell'Università degli Studi di Trieste.

Con apposito Decreto Legge il Ministero dell'Istruzione, Università e Ricerca (MIUR), di concerto con il Ministero delle Attività Produttive (MAP), procede alla rideterminazione dei soggetti incaricati della attuazione del PNRA (Programma Nazionale di Ricerca in Antartide), viene costituito il Consorzio per l'Attuazione del Programma in Antartide, cui partecipa l'OGS. Il dr.Ivo Grimaldi, direttore generale dell'OGS è consigliere di amministrazione del Consorzio.

Il Dipartimento CRS installa la prima stazione per la rete di rilevamento delle deformazioni crostali del Friuli Venezia-Giulia, usando la tecnologia GPS-RTK.

Con delibera N. 4.1.3.2004 il Consiglio di Amministrazione dell'OGS decide di istituire il Dipartimento per lo sviluppo delle RIcerche e delle tecnologie MArine - RIMA e di attribuirgli il compito, fra l'altro, di gestire la Nave di ricerca "OGS-Explora".

Con delibera N.4.3.1.2005 il Consiglio di Amministrazione dell'OGS decide di ampliare gli studi dell'Istituto anche alla biologia marina e di istituire il Dipartimento di Oceanografia Biologica - BIO nella sede ove finora era ospitato lo sciogliendo "Consorzio per il Laboratorio di Biologia Marina", in via Auguste Piccard 54.

Con delibera N.3.12.4.2005 parte del personale già dipendente dal "Consorzio per il Laboratorio di Biologia Marina" passa al Dipartimento BIO.

Nell'ambito di una collaborazione con l'Instituto Antartico Argentino, viene installato un sismografo a larga banda oltre il Circolo Polare Antartico, nella base argentina di San Martin. I dati sono disponibili in tempo reale sul web, tramite la rete europea ORPHEUS.

Viene acquisito un nuovo sistema di misura oceanografico: il glider (aliante-sottomarino) che apre una nuova era nelle misure di profondità.

Rinnovo dell'accordo ICTP-OGS del Programma di borse di studio nel campo dell'Oceanografia e delle Scienze della Terra nell'ambito del TRIL.

La nave "OGS-Explora", nell'ambito dell'Anno Polare Internazionale 2007-2008, parte da Kristiansund (Norvegia) per l'unica crociera polare italiana. Si tratta del progetto EGLACOM (Evolution of a GLacial Arctic COntinental Margin: the Southern Svalbard ice stream-dominated sedimentary system). Il progetto parte su finanziamento del Ministero dell'Istruzione, dell'Università e della Ricerca ed anche grazie al fatto che la nave si trova già in Norvegia a conclusione di una crociera di acquisizione dati industriali per la Statoil norvegese.

È la prima crociera dell'OGS ad essere seguita da tutti attraverso un blog.

Nell'ambito dell'IPY (anno polare internazionale) viene installato in collaborazione con l'Instituto Antartico Argentino un sismografo nella stazione argentina "Belgrano II" a 77°52' Sud. Esso è il secondo sismografo fisso più vicino al polo, dopo la stazione statunitense POLA situata proprio al Polo Sud. Anch'esso è collegato in tempo reale anche con la rete ORPHEUS.

Viene acquistato usato l'aereo bimotore "Piper PA-34-200T Seneca II" per l'esecuzione di aereofotogrammetrie iperspettrali.

Il Consiglio di Amministrazione viene allargato a ulteriori 5 membri di nomina ministeriale con lo scopo di redigere i nuovi statuti dell'OGS ai sensi dell'art.3 comma 3 del D.leg.vo 213/2009.

Da notizie di stampa appare che il Governo preveda, nella manovra finanziaria in discussione, la soppressione dell'OGS in quanto definito "ente inutile" e successivo suo accorpamento al Consiglio Nazionale delle Ricerche (CNR). La Presidenza dell'OGS si accerta che la decisione adottata dal Ministero delle Finanze risulta sconosciuta anche al Ministero della Ricerca (M.I.U.R). Nei concitati giorni successivi il personale si riunisce in assemblea permanente. L'OGS riceve attestati di solidarietà e stima da parte di tutte le parti politiche.

Nel decreto legge n.78 del 31.05.2010 pubblicato in Gazzetta Ufficiale, all'Allegato 2 (art.7 comma 20) nell'elenco degli enti da sopprimere, non c'è l'OGS.

La nuova presidente dell'OGS è la prof.ssa Maria Cristina Pedicchio, professore ordinario all'Università degli Studi di Trieste e Presidente del Consorzio di Biomedicina Molecolare (CBM).

In base alla delibera del Consiglio di amministrazione del 21.6.2012, l'Istituto viene articolato in tre "Sezioni di Ricerca Scientifica" (Geofisica - GEO, Oceanografia - OCE, Centro di Ricerche Sismologiche - CRS), e una "Sezione di Ricerca Tecnologica" (Infrastrutture di Ricerca - IRI).

Il Consiglio di Amministrazione dispone, per ciò che attiene alla denominazione dell'ente, di adottare univocamente la intitolazione riportata nella L. n. 381/1999 (art. 7, c. 1) e cioè: "Istituto nazionale di oceanografia e di geofisica sperimentale - OGS"